La Sainte Ignorance, Le temps de la religion sans culture (Seuil, 2008)
Le Croissant et le Chaos (Hachette Littératures, 2007)
Réseaux islamiques, La connexion afghano-pakistanaise (avec Mariam Abou Zahab, Autrement, coll. « CERI/Autrement », 2002)
L’Islam mondialisé (Le Seuil, 2002)
L’Asie centrale contemporaine (PUF, coll. « Que sais-je ? » n° 3601, 2001)
Iran, Comment sortir d’une révolution religieuse ? (avec Farhad Khosrokhavar, Le Seuil, 1999)
La Nouvelle Asie centrale ou la fabrication des nations (Le Seuil, 1997)
Généalogie de l’islamisme (Hachette, 1995)
L’Échec de l’Islam politique (Le Seuil, 1992)
Afghanistan, Islam et modernité politique (Le Seuil, 1985)